Saulo, boa tarde.
Aqui na empresa emitimos as notas de bonificação pelo módulo de notas fiscais de saída mesmo, com a opção "Só imposto" marcada. Para isso, parametrizamos os códigos de imposto de forma separada para vendas e para bonificações, sendo que nos códigos de bonificações, marcamos todos os impostos como inclusos no preço; assim, as notas ficam corretas, movimentam estoque, contábil e não é gerado contas a receber.
Espero ter ajudado e qualquer dúvida, estou à disposição.
Att.
Edison